Неорганизованное отступление привело к крушению моста через Мааг, от чего немалая часть бежавших утонула в воде. Видя бегство основных сил, соединение Верденберг-Зарганса отступило к деревне Беглинген. В результате сражения в армии Гларуса и конфедерации насчитывалось 54 убитых, которые были захоронены в приходской церкви Моллиса. Потери армии Габсбургов не столь хорошо известны. По ряду данных и свидетельств того времени австрийцы потеряли 80 рыцарей и 2200 солдат. Битва при Нефельсе считается последней битвой швейцарско-австрийского конфликта, продолжавшегося на протяжении большей части XIV века. В 1394 году было подписано мирное соглашение, по которому австрийский герцог Альбрехт III признал фактическую независимость швейцарских кантонов от Австрии. Ежегодно, в первый четверг апреля жители кантона Гларус празднуют победу в сражении при Нефельсе. Этот день является официальным праздником кантона. В память об этом событии, жители идут к месту битвы торжественной процессией, состоящей из музыкантов, барабанщиков, солдат, представителей католической и протестантской церквей. Процессия несколько раз останавливается с целью исполнения различных церемониалов, в одном из которых торжественно зачитываются имена солдат, погибших в этом сражении.
