И ещё один из таких споров-это виноват или нет Джанибек в эпидемии в Европе.
Существовала версия, что Джанибек является виновником пандемии чумы в Западной Европе, известной как «Чёрная смерть». Об этом рассказывает генуэзский нотариус Габриэль де Мюсси (польск.)русск. (Gabriele de' Mussi). В 1346 году он оказался в генуэзской фактории в Каффе, осаждённой войсками хана Джанибека. Согласно де Мюсси, после того, как в монгольском войске началась чума, хан приказал с помощью катапульт забрасывать трупы умерших от болезни в Каффу, где немедленно началась эпидемия. Осада окончилась ничем, так как ослабленное болезнью войско вынуждено было отступить, в то время как генуэзские корабли из Каффы продолжили плавание, разнося чуму далее по всем средиземноморским портам.
Рукопись де Мюсси, которая ныне находится в библиотеке Вроцлавского университета, впервые была опубликована в 1842 году. Сочинение не датировано, однако время его написания легко устанавливается по описанным событиям. В настоящее время часть исследователей подвергают сомнению содержащиеся в рукописи сведения, полагая, что, во-первых, де Мюсси руководствовался тогдашним пониманием распространения болезни через запах в виде миазмов, и чума, возможно, проникла в крепость с крысиными блохами, или, по предположению Михаила Супотницкого, Мюсси, вернувшись в Италию и застав там начало эпидемии, ошибочно связал её с возвращением генуэзских кораблей. Впрочем, у гипотезы о «биологической войне хана Джанибека» нашлись свои защитники. Так, английский микробиолог Марк Уилис в свою очередь указывает, что в тогдашних условиях осаждающая армия располагалась достаточно далеко от города на безопасном расстоянии от стрел и снарядов противника, в то время как крысы не любят далеко уходить от своих нор. Также он обращает внимание на потенциальную возможность заражения от трупа через небольшие ранки и ссадины на коже, которому могли подвергнуться могильщики[
